Sur le cluster de BioSP la possibilité d'utiliser les containers est possible

Singularity le gestionnaire de container est disponible sur l'ensemble du cluster. 

• Si vous possédez déja un container docker il est facile  de transformer un container docker en container singularity
• Vous pouvez également utiliser les containers GUIX pour une meilleure reproductibilité

exemple de script bash pour utiliser singularity sur le cluster:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=singularitytest
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=1G
#SBATCH -o %x-%j.out # File to which STDOUT will be written
#SBATCH -e %x-%j.err # File to which STDERR will be written
singularity run /home/lhoude/singularity/alpine.sif "matlab"

NOTES:

Si vous souhaitez construire vos conteneurs sur le cluster, vous aurez besoin de droits supplémentaires. Merci de contacter l'ingénieur système.