Soumis par lhoude le

Guix c'est quoi

Guix est un gestionnaire de paquet qui permet à l'utilisateur d'installet et d'utiliser un trés grand nombre de logiciels sans avoir à passer par un administrateur ou avoir des droits root

Pourquoi utiliser GUIX sur le cluster de BioSP

guix permet d'utiliser un grand nombre de logiciel sans avoir à les installer sur son compte
guix permet d'arreter le temps et de rejouer une simulation des mois des années plus tard dans les memes conditions, et cela quelque soit le serveur ou le lieu bref en matiere de reproductibilité c'est ce qui se fait de mieux.

Vous pouvez utiliser ce que l'on appelle des contextes/des environements et utiliser differentes versions d'un logiciel de maniere totalement isolée.

Le plus simple c'est de faire une petite demo

Vous souhaitez utiliser gcc avec ses outils de compilation ?
quelle version vais je utiliser?

le module guix est chargé par defaut mais si vous voulez un environnement vierge:


ml purge #on enleve tous les modules chargés par defaut
ml guix  #on charge le module guix

 

[lhoude@pcbiom97:~] 130 $ gcc --version
gcc (Debian 10.2.1-6) 10.2.1 20210110
Copyright (C) 2020 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

Si la version 10.2.1 du systeme ne convient pas  il faut en choisir une autre :Pour savoir quelle version est disponible:

[lhoude@pcbiom97:~] $ guix search gcc-toolchain |grep version
version: 13.2.0
version: 12.3.0
version: 11.3.0
version: 10.5.0
version: 9.5.0
version: 8.5.0
version: 7.5.0
version: 6.5.0
version: 5.5.0
version: 4.9.4
version: 4.8.5


pour choisir la version 12.3.0

[lhoude@pcbiom97:~] $ guix shell gcc-toolchain@12.3.0
[lhoude@pcbiom97:~]└2 $ gcc --version
gcc (GCC) 12.3.0
Copyright © 2022 Free Software Foundation, Inc.
Ce logiciel est un logiciel libre; voir les sources pour les conditions de copie.  Il n'y a
AUCUNE GARANTIE, pas même pour la COMMERCIALISATION ni L'ADÉQUATION À UNE TÂCHE PARTICULIÈRE.
[lhoude@pcbiom97:~]└2 $

 

GUIX ok , mais pour quels logiciels ?

guix c'est 28000 packages  et logiciels précompilés avec leurs dépendances , R, python, emacs  ...etc la liste est ici   https://packages.guix.gnu.org/ 

 

Vous pouvez construire vos propres environements Python ou R avec tous vos packages et modules et faire passer votre environement de calcul à vos collaborateurs avec un simple fichier texte

pour en savoir plus  https://guix.gnu.org/